Filfla (auf maltesisch Filfola) ist ein unbewohnter Inselfelsen der Republik Malta. Seine Fläche beträgt 6 ha. Er liegt 5 km südlich der Hauptinsel Malta und ist der südlichste Punkt des Archipels. Der Felsen gehört zur Stadt Żurrieq.
Der Felsen besteht aus einem 60 m hohem Plateau, er fällt zur Küste steil in Form von Kliffs ab. Das einzige auf der Insel nachweisbare Gebäude ist eine kleine Kapelle aus dem Jahre 1343, die vornehmlich Fischern diente. Sie wurde 1856 bei einem Erdbeben völlig zerstört. Bis 1971 diente die kleine Insel der britischen Royal Air Force und der Royal Navy als Zielübungsplatz, da sie aus der Luft einem Flugzeugträger ähnlich sieht. Durch die fortwährenden Bombeneinschläge brachen größere Teile der Insel ab. Auf Verlangen einer Bürgerbewegung wurde die Übungen eingestellt und 1980 wurde Filfla zum Vogelschutzreservat erklärt. 1988 wurden die Schutzmaßnahmen durch den Filfla Natural Reserve Act nochmals verstärkt. In einem Umkreis von einer nautischen Meile (1,852 km) wurde eine Sperrzone für den Schiffsverkehr errichtet. Hintergrund hierfür ist neben der Ruhe für die lokale Unterwasserwelt um die Insel vor allem die Tatsache, dass nicht alle Sprengkörper bei den früheren Zielübungen explodiert sind und diese ein erhebliches Risiko für die Fischerei darstellen.
Zutritt zur Insel ist ausschließlich zu Forschungszwecken und nach vorheriger Genehmigung des Umweltministeriums gestattet.
Auf Filfla ist die grün-rot gepunktete Rieseneidechse endemisch.