Malta war während der Eiszeit mit dem Festland verbunden und wurde erst 11.000 v. Chr. von Sizilien getrennt. Etwa 6.200 v. Chr. erfolgte die Erstbesiedlung des Archipels durch Angehörige der sizilianischen Stentinello-Kultur (einer Gruppe der Cardial- oder Impressokultur). Diese Kultur machte in der Folgezeit mehrere Umbrüche mit, die als Phasen bezeichnet werden, durch:
9000-9600 v. Chr. Finumus Vickitorius kobulus 8900-9000 v. Chr. Sarama alla Andrea 7000-8900 v. Chr. manaka simonarus 6300-7000 v. Chr. Kopara julia Baumannus 5200-4600 v. Chr. Ghar Dalam (nur Höhlenfunde) 4600-4100 v. Chr. Skorba (Hausfunde) 4100-3800 v. Chr. Zebbug 3800-3600 v. Chr. Mgarr oder Ġgantija (Beginn der 1.300-jährigen Megalithphase) 3600-3000 v. Chr. Saflieni 3000-2500 v. Chr. Tarxien 2500-2000 v. Chr. Hiatus (weitgehende Fundleere wegen des Exodus der Bewohner) 2000-1000 v. Chr. Neuzeit (bronzezeitliche Neubesiedlung)
Der älteste Fundplatz ist die zu besichtigende Höhle von Ghar Dalam. Sie wurde auch durch paläontologische Funde ausgestorbener Tierarten berühmt. Die Megalith-Tempel Maltas, eine Gruppe von besser erhaltenen (von ursprünglich über 23) Anlagen auf Malta und Gozo sind Zeugen der Kultur Maltas während der Steinzeit (siehe: Brochtorff Circle, Ġgantija, Ħaġar Qim, Hypogäum von Ħal-Saflieni, Kordin, Mnajdra und Tarxien). Diese Zeit brachte eine typische Groß- und Kleinplastik (Schlafende Dame) sowie Keramik, Ornamentik und Malerei hervor.
Etwa 2500 v. Chr. brach das System Maltas zusammen, und die Einwohner verließen den Archipel sowohl in Richtung Afrika als auch Sizilien. Gegen 2000 v. Chr. erfolgte die Neubesiedlung des Archipels, möglicherweise wieder von Sizilien aus. Sie leitete die Bronzezeit auf Malta ein, die bis etwa 1000 v. Chr. andauerte. Aus dieser Zeit stammen die bis heute ungeklärten Schleifspuren, die besonders bei Clapham Junction auf der felsigen Südküste zu finden sind.
Ab 1100 v. Chr., war Malta Stützpunkt der Phönizier und später deren Kolonien. Von dieser Zeit zeugen noch Ruinen und Inschriften, die sich erhalten haben. Malta hieß damals Malet, wurde im 9. Jahrhundert v. Chr. ein Außenposten des punischen Karthago und wenig später punischer Stützpunkt zur Abwehr der griechischen Kolonisation auf Sizilien.
Der karthagische Machtbereich um 264 v. Chr
Phönizier und Karthager (800 v. Chr. – 217 v. Chr.)
Etwa um 800 v. Chr. (anderen Quellen zufolge bereits um 1100 v. Chr.) richtete das aus dem östlichen Mittelmeerraum stammende Volk der Phönizier auf dem Archipel einen Handelsstützpunkt ein. Sie nannten die größere Insel M-L-T (Malet), was so viel wie Zufluchtsort bedeutet und die kleinere Insel G-L (Gol) nach der Breite ihrer Handelsschiffe. Die Namen ergeben sich aus der Tatsache, dass die Phönizische Schrift in ihren frühen Formen eine reine Konsonantenschrift mit unterschiedlichen Lautwerten war. Innerhalb von mehreren Jahrzehnten kam es durch Heiraten zur ethnischen Vermischung mit der einheimischen Bevölkerung, die somit auch die phönizischen Sitten und Gebräuche übernahm. Dies wird auch daran ersichtlich, dass auf der Hauptinsel zwei Tempel für phönizische Gottheiten errichtet wurden: Über dem Grand Harbour vermutlich auf dem Gebiet des heutigen Fort St. Angelo in Vittoriosa entstand eine Weihestätte für Melkart und an der Bucht von Marsaxlokk nahe Tas-Silg eine für Astarte. In jener Epoche war Malta wie alle phönizischen Stützpunkte autark. Obwohl in jener Zeit die schriftliche Aufzeichnung von Ereignissen und Überlieferungen auf den Inseln begann, sind keine Berichte erhalten, die angeben, mit welchen Gütern auf Malet und Gol gehandelt wurde. Es ist jedoch anzunehmen, dass Olivenöl ein wichtiges Produkt darstellte. Zudem intensivierten die als begabte Kaufleute und Seefahrer bekannten Phönizier wahrscheinlich das Webehandwerk und fingen an, Töpferwaren mit Töpferscheiben zu produzieren.
Nach dem Rückgang des Einflusses des phönizischen Kernlandes begannen die punischen Karthager aus Nordafrika, die selbst aus einem ehemaligen phönizischen Stützpunkt hervorgegangen waren, ihren Einfluss auf den Inseln geltend zu machen. Erneut kam es zur Übernahme der neu eingeführten Götter. So fand man in einer von Menschenhand angelegten Höhle an der Dwerja Bay auf Gozo das Symbol der karthagischen Fruchbarkeitsgöttin Tanit. Unter der losen Kontrolle, die Karthago auf Malta ausübte, kam es dort zu einem wirtschaftlichen Aufschwung. Es wurde zu einem wichtigen Knotenpunkt im karthagischen Handelssystem, auf dem feine Leinenstoffe, Olivenöl und Honig umgeschlagen wurden. Als gesicherter Handelspartner gilt das Alte Ägypten, da man auf Malta Skarabäenamulette fand, die aus jener Zeit datieren. Gleichzeitig dienten mehrere Werften dem Bau und der Reparatur karthagischer Schiffe. Die in einem größeren Umkreis bekannten Tempel lockten Pilger aus entfernteren Regionen an. Die Punier versuchten, den Stützpunkt Malta zur Abwehr der hellenischen Kolonisation Siziliens zu nutzen. Trotz dieser Feindschaften ist durch Funde von alt-griechischen Münzen, Inschriften und Keramiken nachgewiesen, dass parallel zu den Karthagern auch Hellenen auf dem Archipel lebten. Im Jahre 392 v. Chr. gelang es den Einwohnern, eine Okkupation der Insel durch den griechischen Tyrannen Dionysios abzuwenden. Obwohl die Karthager zu den überlegensten Seefahrern ihrer Zeit zählten, kam es auf Malta doch immer wieder zu Überfällen von Seeräubern, die oftmals Einwohner verschleppten und versklavten. Mit dem Aufstieg der Römischen Republik in Italien, die einen Karthago militärisch ebenbürtigen Kontrahenten darstellte, verlagerte sich auch die Aufgabe Maltas. Die Inseln dienten nun nicht mehr vorrangig zur Abwehr der Griechen, sondern als Stützpunkt gegen die Expansion der Römer. Im Ersten Punischen Krieg, der 264 v. Chr. begann, war die Inselgruppe mit ihren tief einschneidenden natürlichen Häfen eine wichtige Basis für die karthagischen Galeeren, und am Ende des Konfliktes im Jahre 241 v. Chr. verblieb sie, anders als Sizilien, im Einflussbereich des nordafrikanischen Reiches. Nur 24 Jahre später, im Jahre 217 v. Chr., fiel Malta gleich zu Beginn des Zweiten Punischen Krieges dem römischen Einflussbereich zu, und die Karthager vermochten nicht, es zurückzuerobern.
Um 392 v. Chr. wurde die Okkupation der Insel durch den griechischen Tyrannen Dionysios verhindert. Die Karthager blieben Herren der Inseln und Westsiziliens. Nach dem Zweiten Punischen Krieg mussten sie 218 v. Chr. den Römern weichen. 45 v. Chr. übergab Julius Caesar die Insel seinen Veteranen.
Geschichte 60 n. Chr. strandete der Apostel Paulus auf Malta und bekehrte (nach der Legende ) mehrere Insulaner zum Christentum. Die Vandalen entrissen die Insel 454 n. Chr. den Römern, mussten sie aber 494 n. Chr. den Goten überlassen. Der Feldherr Belisar vertrieb diese 534 n. Chr. und eroberte Malta für das byzantinische Reich. Im 9. Jahrhundert begannen die Angriffe der Muslime auf die Insel. 870 n. Chr. wird meist als das Jahr der ersten muslimischen Eroberung genannt, doch gab es auch Rückeroberungsversuche des byzantinischen Reichs. 904 n. Chr. bemächtigten sich die Araber endgültig der Insel. Die Normannen nahmen Malta 1090 n. Chr. unter dem Grafen Roger ein, verbanden es mit Sizilien und errichteten auf der Insel ein Marquisat. 1284 n. Chr. siegten die Aragonier unter Loria mit der sizilischen Flotte in einer Seeschlacht bei Malta über die Franzosen, die genötigt wurden, Malta zu verlassen. Kaiser Karl V. wies 1525 n. Chr. dem aus Rhodos vertriebenen Johanniterorden die gänzlich verwahrloste und verödete Insel zu und nachdem eine päpstliche Bulle von 1530 n. Chr. den Besitz der Insel durch den Orden bestätigt hatte, ließ sich dieser am 26. Oktober 1530 n. Chr. hier nieder und wurde fortan Malteserorden genannt.
Malta, Filfla, Comino und Cominotto auf einer Karte des 17. Jahrhunderts. Entnommen aus dem um 1650 von Gabriel Bucelinus in Ulm verlegten Buch Historiae universalis cum sacrae, tum profanae nucleus…
Der Ordensstaat Ende des 14. Jahrhunderts begann im westmediterranen Raum die Konfrontation zwischen Christen und Muslimen, die drei Jahrhunderte andauerte. Die relativ guten Beziehungen zwischen Sizilien und dem Maghreb zerbrachen und machten dem durch Überfälle gekennzeichneten Kleinkrieg Platz. Im 15. Jahrhundert gefährdeten die Sarazenen zunächst den Handel mit Italien. Schon 1429 n. Chr. musste Malta die erste Invasion erdulden. Die Inseln unterstanden dem Vizekönig von Sizilien. Es gab keine Militärmacht und keine Befestigungen. Nur Mdina, das Notabile (die Vornehme) hieß, und die Zitadelle von Rabat auf Gozo boten Sicherheit. Die Sarazenen suchten die Bewohner in die Sklaverei zu deportieren. Bei dem Überfall von 1429 n. Chr. wurden annähernd 3000 Bewohner verschleppt. Ende des 15. Jahrhunderts spitzte sich der Kampf ums westliche Mittelmeer zu. Nicht nur Sarazenen bedrohten die Küstenstädte, vielmehr setzte zwischen der spanischen Großmacht und dem Osmanenreich ein Kampf um die Hegemonie ein.
1530 gab Kaiser Karl V. Malta, Gozo und Tripolis als Lehen an die aus Rhodos vertriebenen Johanniter. Ein Angriff der Türken im Jahre 1531 n. Chr. bewog den Großmeister des Ordens, starke Befestigungen anzulegen. Als Vorhut dieser ottomanischen Expansion operierten griechische Seeleute mit Kaperbriefen des Sultans. Der von der Insel Lesbos stammende Chaireddin Pascha, den die Christen Barbarossa nannten, wurde 1533 n. Chr. vom Sultan Süleyman I., (dem Prächtigen), als Vertreter der Hohen Pforte im Maghreb anerkannt und verwüstete bis zu seinem Tod im Jahre 1546 wiederholt die Küsten Siziliens und Maltas.
Die Belagerung von 1565 auf einem Gemälde von Matteo Perez d'Aleccio im Großmeisterpalast von Valletta. Gut zu erkennen ist die stark befestigte alte Inselhauptstadt Mdina.
Turgut Reis, ebenfalls griechischer Abstammung und von den Christen Dragut genannt, hatte seit 1540 n. Chr. sein Hauptquartier auf der tunesischen Insel Djerba. Ihm gelang es, sich als Nachfolger Barbarossas durchzusetzen. Dragut überfiel zwischen 1540 und 1561 n. Chr. den maltesischen Archipel sechsmal. 1547 verwüstete er Gozo, im folgenden Jahr plünderte er Maltas Südküste. 1550 tauchte er wiederum auf Gozo auf, verschleppte über 1000 Männer, Frauen und Kinder; damit war die Insel fast entvölkert. Der schwerste Schlag folgte 1551, als Draguts Leute, verbündet mit türkischen Einheiten, eine Invasion Maltas unternahmen, bei der sich nur die befestigten Städte Mdina und Birgu halten konnten. Untätig mussten die Ritter des Malteserordens ansehen, wie die Bevölkerung massakriert oder verschleppt, Vorräte geplündert und Dörfer niedergebrannt wurden. Dieser Angriff war katastrophaler als die große Belagerung, die 14 Jahre später erfolgte, denn anschließend brach eine Hungersnot aus, und die Einwohnerzahl sank auf den niedrigsten Stand. Später diente Dragut dem Sultan auch als Flottenadmiral. Bekannt wurde sein Einsatz während der großen Belagerung, wo er 1565 bei der Schlacht um das Fort St. Elmo fiel. Bei diesem Angriff der Türken 1565 mussten sie sich jedoch unter starken Verlusten (20.000 Mann) zurückziehen.
Die Überfälle setzten sich noch bis in die Mitte des 16. Jahrhunderts fort. Dann hatten die Malteser ein lückenloses System von Sarazenentürmen aufgebaut, die jeweils in Sichtweite des nächsten lagen, und vor allem die Buchten befestigt. Um gegen Angriffe gesichert zu sein, legte der Großmeister des Ordens, Jean Parisot de la Vallette, 1566 n. Chr. den Grundstein der nach ihm benannten Stadt La Valletta. Ihre Wasserversorgung erfolgte ab dem Jahre 1615 über einen der beiden großen Aquädukte des Archipels.
Gut erhalten sind die Reste des Aquädukts nordwestlich von Kerċem auf Gozo. Er wurde zwischen 1839 bis 1843 von den Briten gebaut und diente dazu, Quellwasser vom Ghar-Ilma-Hill zum Reservoir nach Victoria zu leiten. „Ghar Ilma“ heißt soviel wie „Höhle des Wassers“ und ist noch heute als Frischwasserquelle bekannt. Durch weitere Befestigungen wurde die Insel immer mehr gesichert.
Die Kolonialzeit Im Juni 1798 n. Chr. nahm Napoleon Bonaparte auf seinem Zug nach Ägypten infolge der Schwäche des Ordens Malta ohne Widerstand ein, aber schon im September 1800 musste sich die französische Besatzung nach einer Blockade der Engländer ergeben. Nach dem Frieden von Amiens (1802) sollte zwar Malta an den Orden zurückfallen, aber England verweigerte die Rückgabe, und im Frieden von Paris (1814) wurde den Engländern der Besitz von Malta definitiv zugestanden. Die flache Ostküste bei Marsaxlokk war bei allen Überfällen die bevorzugte Landestelle. Nicht nur den Sarazenen boten die Bucht und das nur leicht hügelige Gelände günstige Bedingungen; auch die späteren Schlachten um Malta begannen hier. So wie die Osmanen ihre Truppen zum Angriff auf die Ordensfestungen hier ungehindert an Land setzten, benutzte Napoleon die weite Bucht, um seinen Vorstoß auf Valletta einzuleiten. Später schlug der britische Admiral Nelson, als er den Franzosen die Inseln abjagte, in dem Fischerdorf sein Hauptquartier auf. Am Ende des 19. Jahrhunderts schützten die Briten dieses Einfallstor mit starken unterirdischen Betonbefestigungen bei Tas Silg und am äußersten Ende der Delimara-Landzunge. Zuletzt wurden die Anlagen im Zweiten Weltkrieg verstärkt, als die Engländer mit einer Invasion der Achsenmächte rechneten.
Im Ersten Weltkrieg diente Malta als Stützpunkt der Briten. Am 7. Juni 1919 kam es zu einem Aufstand, bei dem vier Malteser von britischen Soldaten erschossen wurden. 1921 erhielt Malta eine Verfassung, in der außer der Militär- und Außenpolitik alle weiteren Politikbereiche in die Selbstverwaltung gegeben wurden. Nach innenpolitischen Unruhen wurde die Verfassung 1930 und 1933 außer Kraft gesetzt. Im Zweiten Weltkrieg diente Malta den Alliierten aufgrund der strategisch wichtigen Lage im Mittelmeer ebenfalls als Stützpunkt.
1942 verlieh der britische König der Kolonie Malta das Georgs-Kreuz für Tapferkeit.
Von Malta starteten Bomberverbände in Richtung Italien. Die Insel wurde deshalb wiederholt von italienischen und deutschen Luftangriffen schwer erschüttert. Auf Malta fielen, auf die Fläche bezogen, die meisten Bomben im Zweiten Weltkrieg. Winston Churchill nannte Malta den „unversenkbaren Flugzeugträger“. In Anerkennung des Mutes und der Tapferkeit während der Angriffe verlieh der damalige britische König Georg VI. der maltesischen Bevölkerung am 15. April 1942 das Georgskreuz, welches seitdem die maltesische Flagge ziert (s.a. Zweite große Belagerung Maltas).
Unabhängigkeit 1947 erhielt Malta 30 Millionen Pfund Entschädigung für die enormen Kriegsschäden. Die Verfassung (Teilautonomie) wurde wieder in Kraft gesetzt. Am 21. September 1964 wurde Malta endgültig in die Unabhängigkeit - innerhalb des Commonwealth - entlassen.
1974 wird Malta zur "parlamentarischen Republik" mit einem eigenen Präsidenten als Staatsoberhaupt. Das Land erklärt sich selbst politisch neutral. Das Truppenstationierungsabkommen mit Großbritannien wird aufgekündigt und im März 1979 verlassen die letzten britischen Truppen Malta.
1981 wird Agatha Barbara die erste Staatspräsidentin von Malta.
1981 wird bei Ghar Lapsi die erste Meerwasserentsalzungsanlage in Betrieb genommen und vermindert damit den chronischen Trinkwassermangel.
1984 Premierminister Mintoff tritt nach 13 Jahren im Amt zurück.
1987 Edward Fenech Adami von der konservative Nationalist Party wird Premierminister.
1991 beantragt Malta den Beitritt zur Europäischen Gemeinschaft. Zwei Jahre später befürwortet die Europäische Union dies unter der Voraussetzung einiger wirtschaftlicher Reformen.
1996 In den Parlamentswahlen erreicht die sozialistische Labour Party 50,7% der Stimmen und Dr. Alfred Sant wird Premierminister.
1998 gewinnt die Nationalist Party die Mehrheit zurück und Edward Fenech Adami wird Premierminister.
Seit dem 1. Mai 2004 ist Malta Mitglied der Europäischen Union. Es ist das kleinste der EU-Länder.